¿Por qué cuando hago las modificaciones propuestas en el sistema operativo a veces en las descargas la velocidad oscila?

Porque ampliar el escalado de la ventana no quiere decir que siempre trabajamos con el tamaño máximo de ventana alcanzable, sino que siempre empezamos la conexión con un tamaño de ventana pequeño, y poco a poco se va ampliando si todo va bien hasta alcanzar su valor máximo.
ahora bien, si encontramos algún router con congestión por el camino, o algún elemento de red saturado que nos haga perder muchos paquetes, puede ser que se resetee el tamaño de nuestra ventana, ya que es lo que hace tcp, si se detecta congestión inicia otra vez el algoritmo con la ventana más pequeña para intentar que se solucione la congestión y la ventana se irá agrandando poco a poco (igual que cuando empezamos la conexión). De modo que si en un momento la velocidad baja bruscamente y luego sube otra vez poco a poco estamos ante un caso de este tipo.